混合氣體的環氧乙烷滅菌器有其最大的缺點：

1、混合氣體的環氧乙烷含CFC/HCFC或者叫氟利昂（根據蒙特利爾公約，CFC已經禁止使用）因為其為破壞大氣層的氣體。中國的混合氣體環氧乙烷滅菌劑都不給加CFC，因為CFC成本太高，但是CFC在混合氣體中起穩定劑的作用，所以不加CFC容易爆炸。

2、混合氣體的環氧乙烷氣體不溶于水，同時遇到空氣將變為破環大氣層的物質。純的環氧乙烷氣體溶于水，遇到水將變為乙二醇，乙二醇同時具有的殺菌作用。純的環氧乙烷遇到空氣將變為二氧化碳和水?；旌蠚怏w不允許直排大氣。

3、混合氣體的環氧乙烷滅菌劑的保質期為30天，最多為50天，混合氣體為危險品運輸所以客戶更換氣瓶很難。我產品的鋁瓶裝環氧乙烷滅菌劑保質期為2年。

4、混合氣體的環氧乙烷滅菌器的滅菌劑裝在一個很大的煤氣罐的鋼瓶內，每次使用都要人為的打開閥門釋放氣體，很不安全，操作人員容易吸食到環氧乙烷氣體。環氧乙烷滅菌劑是致癌物，泄露時對操作人員是最大的危害。在國內爆炸過也熏死過醫護人員。

5、大瓶裝的混合氣體環氧乙烷滅菌劑，很容易爆炸不易運輸和儲存。因為保質期短醫院使用很麻煩。

6、混合氣體的環氧乙烷滅菌后的殘留很嚴重，如果用戶需要做環氧乙烷滅菌后環氧乙烷的殘留量很可能是不合格的。

7、混合氣體的環氧乙烷滅菌后對其滅菌的產品環氧乙烷的殘留量是超標的，同時國家規定混合氣體滅菌后的產品要置放24銷售才可以使用。

8、混合氣體的環氧乙烷滅菌器必須有專人看著設備，因為他不是全自動的，釋放藥水，加濕等都要人為去控制。

9.在國際上混合氣體的環氧乙烷不允許使用到醫院滅菌，只用于工業使用。